В последние годы научные интересы Лаборатории все больше стали приобретать эколого-биологическую направленность. С начала 80-х гг. ЛПИ участвует в экологических исследованиях Балтийского моря. Многие работы выполняются совместно с  Зоологическим Институтом РАН.

В конкретных программах экспедиционных исследований перед сотрудниками Лаборатории ставилась задача подводного обследования поверхности грунта, состояния фито- и зообентоса с отбором проб воды и грунта. Первые работы в этом направлении проводились с 1984 г. в Рижском заливе, где с помощью подводных методов определялись условия в районах нереста балтийской салаки.

На гидробиологическом разрезе

В дальнейшем работы переместились в район Финского залива. Здесь с 1993г. производились работы по изучению бентоса, сконцентрированные, главным образом, на исследовании прибрежий островов и мелководных зон его восточной части. Можно так же отметить совместные российско-финские водолазные работы, которые включали изучение прибрежных биотопов вокруг островов Хельсинкского архипелага.

Лаборатория участвовала в комплексных работах по научному обоснованию проекта создания заповедной зоны в районе группы российских островов восточной части Финского залива. В этом проекте значительное место отводилось подводным съемкам.

Водолазные работы осуществляются вдоль трансект, расположенных радиально вокруг островов, на глубинах около 12 метров. Водолазами – студентами РГГМУ обследуется донная флора и фауна, производится отбор проб бентоса и образцов донных отложений. Проводятся как визуальные наблюдения, так и фотосъемка. Водолазные исследования всегда сопровождаются стандартным комплексом океанологических наблюдений.

Возможности проведения подводных работ в море в значительной мере реализуются благодаря партнерству РГГМУ и парусного судна - катамарана Centaurus II. Для работ в прибрежной зоне этот тип судов наиболее приспособлен и по осадке, и по экологической чистоте.

Водолазные методы весьма эффективны при проведении комплексных эколого-биологических исследований. Кроме того, что предоставленная такими подводными экспедициями возможность взглянуть на изучаемый объект или явление "изнутри", уникальна для начинающего исследователя.